Nelle absidi ci sono delle porte che servivano per comunicare con il piccolo monastero. Il santuario fu costruito in onore di San Pancrazio, nativo di Taormina. Nelle absidi ci sono delle porte che venivano messe in comunicazione con il piccolo monastero, ora distrutto, così come alcune tombe scavate nel terreno e coperte con lastre di pietra.

I muri della parte più antica erano fatti con conci di pietra calcarea, grandi, rozzamente squadrati e disposti in assi regolari e compatti. Si provvide ad ampliarla aggiungendo due navate laterali e prolungando i muri delle absidi perché non c'era abbastanza tempo per il culto. La chiesa di San Pancrati è l'unico esempio di chiesa non rocciosa. Il pavimento era in pietra calcarea. Le absidi avevano una cupola depressa e le navate erano a forma di botte con conci di pietra. Un monastero con circa 30 monaci benedettini fu costruito vicino ad essa. La chiesa aveva resistito al terremoto del 1693 ed è stata riportata quasi allo stesso modo del 1757 da Vito DAmico. Gli spazi aggiunti hanno pietre più piccole e irregolari che si sono divelte. Secondo l'Agnello, la chiesa doveva essere abbellita con affreschi e più delle piccole chiese rupestri, tutte le pareti dovevano essere occupate. Le pareti interne erano intonacate, mentre quelle esterne no.