Detta anche "soccorpo", l'area si estende sotto il presbiterio e il transetto, e parte della navata. Fu dedicata a S. Maria della Scala e fu ricostruita a partire dal 1517, incorporando elementi della preesistente cripta normanna. Le piccole volte a crociera sono sostenute da 92 colonne con eleganti capitelli ornati con figure di angeli e draghi, così come animali, fiori e frutta. Le pale d'altare ad ogni estremità dei transetti hanno un valore speciale. Il pavimento del transetto sinistro ha delle grate che permettono di vedere i sepolcri. Alcune ossa sono ancora visibili. Vedremo presto la galleria che corre sotto la navata.