L'antica chiesa di San Nicola si trova lungo la Via del Colle appena fuori l'entrata di Villa d'Este. Fu costruita nel XII secolo e ricostruita nel 1590. Secondo la lapide sulla facciata, "A Dio, il più grande e San Nicola, Antonio Migliori di Acquaviva Picena. Vescovo di San Marco responsabile dell'ospedale di S. Spirito Saxia, Roma. Nel 1573, il vescovo Giovanni Andrea Croce aveva dovuto abbandonare l'ingresso della villa alla villa estense.