I Cappuccini arrivarono a Pavia nel 1537. Si stabilirono dapprima nel convento di S. Marco in Monte Bertone. Questa chiesa, di cui non si hanno tracce, si trovava nelle vicinanze dell'attuale Collegio Borromeo. Vi rimasero fino al 1555. Costruirono anche un proprio convento, a soli 30 passi dalla chiesa di S. Marco. La chiesa si trovava all'interno dei Giardini Borromaici con ingresso da via Darsena. Una pietra sotto l'altare maggiore indica quando fu fatta la dedica a S. Marco e la data della consacrazione. È qui che monsignor Peruzzi li scoprì durante la sua visita apostolica nel 1995. I Cappuccini costruirono anche una casa nelle immediate vicinanze, che divenne il primo ricovero per i malati gravi. I cappuccini contattarono il Comune per trovare un posto migliore, dato che la chiesa e il convento erano in una posizione povera e paludosa. L'intero complesso fu distrutto nel 1787 dalla riforma di Giuseppe II. Una parte dei giardini fu anche dedicata allo stesso vescovo in sua memoria.