La chiesa si trova al centro di San Fortunato della Collina. Si trova lungo la statale Marscianese, a circa 6 km a sud-ovest dal capoluogo, e a 300 m sul livello del mare sulla cresta del colle che divide la valle del Tevere dalla piccola valle scavata dal torrente Genna. La struttura è una delle piccole fortificazioni collinari che dipendono dalla provinciale Porta San Pietro. In origine era una villa alla fine del XIII secolo, poi fu dotata di mura (1311) e infine divenne un castello. La chiesa si trova al centro dello spazio, che è stato costruito secondo un'antica fortificazione. È il polo percettivo della piazza scarsamente pavimentata e utilizzata come parcheggio. L'accesso si fa salendo e passando attraverso l'arco d'entrata. L'espansione della chiesa è stata resa possibile dalle sue forme compatte. Questo è stato fatto in concomitanza con il programma architettonico delle chiese leonine.