Secondo la tradizione, San Filippo, il patrono del monastero, fu visto sorgere sul tempio di Gerione. Ha avuto un ruolo importante in Sicilia fino al X secolo, essendo un luogo di formazione religiosa all'interno del monachesimo basiliano dei cosiddetti monaci santi.

È stato recentemente ristrutturato ed è in buone condizioni. Ospita i resti di San Filippo che era il protettore della città. È possibile vedere le celebrazioni che si svolgono nel grande sagrato proprio di fronte ad essa.

La chiesa di San Filippo è costruita sui resti di un antico monastero greco ai piedi della montagna di Agira del VII secolo. Contiene l'altare principale in marmo e il coro semicircolare in legno. Ci sono 25 stalli che illustrano gli eventi più importanti della vita di San Filippo. La navata sinistra contiene i resti di un polittico della seconda metà del XV secolo, due tavole che rappresentano una Natività e un'Adorazione dei Magi. Questi dipinti furono realizzati da Olivio Sozzi di Catania, che dipinse la Madonna col Bambino tra San Benedetto (e San Basilio, Sant'Agata, e i SS. Le altre tele del 1759 furono dipinte dal catanese Olivio Sozzi, la Madonna col Bambino (tra San Benedetto e San Basilio, Sant'Agata con Gloria, il Santo Crocifisso con la Vergine Addolorata, la Maddalena Penitente, e la Sacra Famiglia. I dipinti di Nicosia Filippo Randazzo del 1746 includono: La Madonna del Rosario tra i Santi Gaetano e Domenico, la Madonna di Monserrato e il ritratto dell'Abate Girolamo Colonna. Quest'ultimo fu collocato nella sacrestia.