Il museo si trova nelle eleganti sale del Seminario Vescovile, che fu il collegio molfettese della Compagnia di Gesù. Infatti, furono proprio i gesuiti ad avviare un'importante attività culturale nella città adriatica. Negli anni trenta, monsignor Filippo Giudice Cartacciolo ordinò l'istituzione di alcune sale museali in questo luogo.

Questo posto è stato visitato da me durante una riunione scout. Ha molte stanze e lunghi corridoi silenziosi e austeri. L'atrio interno permette di lasciare i bagagli. Si può anche usare la toilette interna.