La costruzione della chiesa viene solitamente fatta risalire all'epoca di Rotari. Tuttavia, l'esistenza di capitelli all'interno degli Ostrogoti permette di capire che Rotari ricostruì la chiesa sul sito di una preesistente cattedrale di culto ariano costruita dagli Ostrogoti. Paolo Diacono, storico longobardo, afferma che l'area dove sorgeva la residenza e il battistero del vescovo ariano era ancora visibile ai suoi tempi. Questo si trova accanto alla basilica SantEusebio. Secondo lo stesso storico, Anastasio, un vescovo ariano di Pavia alla fine del regno di Rotari, si convertì con il suo gregge e divenne il vescovo cattolico per Pavia. La chiesa fu ricostruita nel 600. Fu poi demolita e ricostruita completamente nel secolo successivo. La chiesa fu distrutta nel 1805 e la chiesa fu ristabilita all'inizio del 900.

La cripta è un oratorio ad aula unica diviso in cinque navate coperte da volte a crociera e costoloni. La Cripta di Sant'Eusebio è correlata alla sezione longobarda e alto medievale dei Musei Civici.

C'è una storia travagliata legata al culto di Ario. Può essere interessante per gli appassionati di storia antica. La chiesa fu demolita nel 1932 circa. La cripta è del VII secolo.

I capitelli di tipo tronco-piramidale con alta foglia di palma sono nascosti da uno schizzo di pulvino sulle dieci colonne e colonnine. La cripta della chiesa ha capitelli darte ostrogota, quindi è possibile che la chiesa sia stata ricostruita. La cripta, l'unica parte risparmiata dalla demolizione, si presenta come un piccolo tempio coperto da volte a crociera con archi apparenti sostenuti da dieci elementi portanti che non hanno base. Il resto della basilica è una cripta romanica. Ci sono interessanti tracce di affreschi romanici nelle volte. L'edificio aveva una pianta basilicale, con tre navate di notevole lunghezza separate da otto colonne di marmo. La chiesa fu completamente ricostruita dopo la sua distruzione nel secolo successivo.