Lazzaro Spallanzani (1729-1799), che fu il primo a creare la cattedra con lo stesso titolo, fondò il Museo di Storia Naturale nel 1771. Il primo nucleo, composto principalmente da minerali, fu un dono dell'imperatrice Maria Teresa. Il Museo fu ospitato nel Palazzo Centrale dell'Università per 150 anni. L'alta reputazione del Museo in Europa fu mantenuta grazie a collezioni personali e a scambi, acquisti e donazioni di materiali di valore scientifico. Spallanzani morì nel 1799. I suoi successori contribuirono significativamente allo sviluppo dell'istituzione e alla crescita delle sue collezioni. Particolarmente importante fu la dedizione scientifica e museologica di Pietro Pavesi e Giuseppe Balsamo Crivelli, entrambi zoologi, all'anatomia comparata e Torquato Taramelli come studiosi di geologia.